Introduktion til Systembiologi

• Forstå de funktionelle niveauer af biologiske systemer, såsom gener, transkripter, proteiner, proteinkomplekser, pathways, celler, væv, osv.
• Forstå det teoretiske fundament for netværksbiologiske analyser af “omics” data.
• Forstå og anvende protein-protein interaktionsdata til funktionelle analyser af biologiske systemer
• Forstå de forskellige high-throughput metoder til analyser af protein-protein interaktion (f.eks. Y2H, AP-MS, osv.)
• Anvende netværksvisualiseringer ved hjælp af software pakker
• Forstå, anvende, analysere og evaluere forskellige methoder til gene set enrichment analyse (GSEA)
• Forstå og anvende genontologi (GO) til GSEA
• Forstå, anvende, analysere og evaluere relevant information fra UniProt og NCBI databaserne
• Forstå, anvende, analysere og evaluere netværksbaserede metoder til integration af “omics” data til biomedicinsk forskning

Introduktion:
* Introduktion til systembiologi (“Systems Biology”), motivation for anvendelse af system/netværksorienterede metoder til analyse af biologiske problematikker.
* Eksperimentelt datagrundlag for konstruktion af protein-protein-interaktionsnetværk. Fordele og ulemper ved de forskellige teknologier.
* Introduktion til netværksanalyse, inklusiv topologibaseret analyse af biologiske netværker, topologiske metrikker og algoritmer til identifikation af subnetværker.

Cellecyklus med gær som modelorganisme
* Introduktion til de vigtigste elementer af funktionel regulering
* Visualisering af regulatoriske netværk.
* Introduktion to transcriptomics-data, samt overlejring af disse på netværk.
* Kombination af tidsserie gen-ekspressionsdata og netværk som metode til datadreven identifikation af funktionel regulering.

Systembiologisk forskning i human sygdomme
* Kombination af protein-protein-interaktionsdata fra flere modelorganismer med henblink på at opnår bedre dækning af humane interaktioner (“inferred human interactome”).
* Vigtigheden af protein isoformer i systembiologisk kontekst
* Vævsspecifikke data: Molekylære netværk specifikke for forskellige humane sygdomme.

27002/27008/27022/27026/36611/22111, Kendskab til basal celle- og molekylærbiologi, herunder cellens struktur, biologiske funktion, cellulære komponenter, biokemiske og molekylærbiologiske processer (metabolisme, RNA og protein syntese mm), DNA struktur, protein kodende gener, den genetiske kode, primær, sekundær, tertiær og kvartenær protein struktur.

Basal kendskab til bioinformatiske metoder og deres anvendelse, i forbindelse med indsamling og analyse af stor-skala biologisk data fra databaser såsom UniProt og GenBank.

Forelæsninger og øvelser

Minimum 10.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav for antal deltagere for at kunne oprettes. Du får besked om, hvorvidt kurset oprettes senest 8 dage før kursusstart.