Syntesebiologi

• Forklare forskellen mellem ’parts’, ’devices’ og ’circuits’ indenfor syntesebiologi
• Forklare og anvende standardiseringsreglerne for samling af DNA stykker (molekylær kloning)
• Designe biologiske ’parts’, ’devices’ og ’circuits’
• Opstille og analysere matematiske modeller for simple genetiske regulatoriske switches
• Evaluere gennemførligheden af eksperimentelle designs der sigter mod at implementere syntesebiologiske løsninger
• Designe detaljerede molekylærbiologiske eksperimenter, inkl. forudsige mulige udfald af de individuelle trin i strategierne, samt hvilke kontrol-reaktioner der er nødvendige
• Forklare hvordan automatisering af laboratorieprocesser (brug af robotter) kan muliggøre syntetiskbiologiske projekter
• Evaluere fordele og ulemper ved at benytte forskellige ’parts’ og ’Chassis’ (organismer) i forbindelse med implementeringen af konkrete designs
• Designe eksperimenter der fører til heterogene kloner/DNA biblioteker
• Designe screeningsstrategier der tillader identifikation af kloner med ønskværdige egenskaber
• Designe cellefabrikker til produktion af små molekyler og proteiner/enzymer
• Diskutere de etiske konsekvenser af syntesebiologi, samt udføre riskovurdering for projekter

Kurset introducerer syntesebiologi og de underliggende koncepter og begreber.

Kurset sætter fokus på designet af molekylærbiologiske eksperimenter og screeningsstrategier (= deltagerne skal selv designe/udtænke strategier på ugentlig basis). Efter kurset vil de studerende kunne designe alle trin, der er nødvendige for implementering af komplekse ’genetic engineering’ eksperimenter, så som kloningsstrategi, hvilke eksperimentelle kontroller der er essentielle, forventede delresultater, samt effektive screenings assays til identifikation af celler med de(n) ønskede egenskaber.

De centrale begreber og tankegangen indenfor syntesebiologi introduceres gennem lærebogskapitler, original litteratur, forelæsninger og cases diskussioner. Mens detaljeret design af komplekse molekylærbiologiske eksperimenter trænes gennem ugentlige regne-/hjemmeopgaver og fælles gennemgange af de enkelte gruppers løsningsforslag. De etiske og kommercielle aspekter af syntesebiologien behandles løbende i forbindelse med cases og regneopgaverne.

27026/27051/27022, Praktisk erfaring fra selvstændigt molekylærbiologisk eksperimentelt arbejde (BSc-projekt eller større specialkursus) er en ønskelig forudsætning for, at den studerende kan deltage aktivt i diskussioner på kurset, samt forstå/relaterer til de præsenterede problemstillinger der behandles i de teoretiske øvelser.

Foredragsrækken introducerer de basale syntesebiologiske koncepter og nødvendige molekylærbiologiske værtøjer til genetisk modificering af produktionsorganismer. I de ugentlige teoretiske øvelser træner vi design, udførelse og test af synbio-eksperimenter, samt at evaluere og give konstruktiv feedback på designs. Sideløbende arbejdes der i mindre hold på en fælles eksamensopgaver, hvilket giver mulighed for at arbejde med den givne ugens emne i forhold til ens egen problemstilling.

Kurserne 27460 og 27410 giver tilsammen en holistisk introduktion til Design-Build-Test-Learn konceptet i forbindelse med konstruktionen af cellefabrikker. 27410 dækker Test-Learn-Design med fokus på integration af omics data i modellering af metabolismen, mens 27460 dækker Design-Build-Test området med fokus på molekylærbiologisken.

Minimum 10.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav for antal deltagere for at kunne oprettes. Du får besked om, hvorvidt kurset oprettes senest 8 dage før kursusstart.