Molekylær evolution

• redegøre for naturlig selektion og teorien om neutral molekylær evolution.
• løse simple populationsgenetiske opgaver.
• redegøre for de vigtigste egenskaber ved fylogenetiske træer.
• konstruere fylogenetiske træer under parsimoni-, afstands-, og maximum likelihood-kriterierne (vha. programmet PAUP*); konstruere Bayesianske fylogenetiske træer (vha. programmerne MrBayes og BEAST).
• bruge Fitch algoritmen til manuelt at udregne længden af et fylogenetisk træ givet et alignment; derudfra vælge det/de mest parsimone træ(er).
• redegøre for substitutionsmodeller baseret på Markovkæder.
• udregne likelihood for en fylogenetisk model manuelt, givet et sæt af parameterværdier og et alignment.
• benytte modeludvælgelseskriterier (f.eks. likelihood ratio testing og AIC) til at vælge den bedste af en række substitutionsmodeller.
• benytte programpakken PAML til at finde positivt selekterede codons i et proteinkodende gen.
• benytte R (f.eks. RStudio) til at manipulere, plotte, og analysere fylogenetiske træer.

Kort introduktion til grundlæggende evolutionsteori og populationsgenetik. Drivkræfterne bag molekylær evolution. Modeller for DNA- og protein-substitution. Rekonstruktion af fylogenetiske træer ved hjælp af afstandsmetoder, parsimoni, maximum likelihood og Bayesiansk analyse. Avancerede nukleotid-substitutionsmodeller (gammafordelte mutationsrater, molecular clock modeller, codon-modeller og analyse af selektivt pres). Statistiske analyser af evolutionsbiologiske hypoteser (likelihood ratio tests, bootstrapping, AIC, Bayesiansk statistik).

De studerende vil opnå praktisk erfaring i at benytte computermetoder ved selv at analysere sekvenser fra den videnskabelige litteratur.

Online forelæsninger, computerøvelser, regneøvelser.
OBS: Kurset køres som “flipped classroom”, dvs. forelæsninger ses på video før undervisning.

Minimum 10.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav for antal deltagere for at kunne oprettes. Du får besked om, hvorvidt kurset oprettes senest 8 dage før kursusstart.