Enkeltfag Engelsk 5 ECTS

Immunologisk bioinformatik

Overordnede kursusmål

Den studerende vil være i stand til at skitsere den teoretiske baggrund, anvende og analysere resultaterne af beregningsmetoder relateret til forudsigelse af immunresponser.

Desuden vil den studerende efter afslutningen af kurset være i stand til at:
– Anvende beregningsmetoder til modellering af genetiske, strukturelle og funktionelle karakteristika ved immunreceptorerne og deres tilsvarende epitoper i inducering af immunresponser.
– Designe en pipeline og gennemføre et projekt ved at anvende og kombinere beregningsmetoder i en immunresponskontekst, dvs. vaccinologi af infektionssygdomme, allergi, autoimmunitet, prioritering af kræftneoepitoper, proteinlægemiddel-deimmunisering.

Generelle ingeniørkompetencer indgår i sammenhæng med konkret anvendelse i et gruppebaseret projektarbejde, hvor de studerende er ansvarlige for planlægning, design, implementering og kommunikation af et projekt.

See course description in English

Identificere og søge i relevante immunologiske databaser og integrere flere værktøjer og datakilder for at bestemme allelfrekvenser og estimere befolkningsdækning
Sammenligne og analysere de strukturelle og funktionelle egenskaber ved MHC-I- og MHC-II-molekyler, herunder deres respektive antigenbehandlings- og præsentationsveje
Anvende offentligt tilgængelige værktøjer til at behandle og analysere data fra proteomik- og immunopeptidomikeksperimenter
Anvende og fortolke forudsigelsesværktøjer til MHC-I- og MHC-II-peptidbinding og -præsentation
Forklare og konstruere en positionsspecifik scoringsmatrix (PSSM) og demonstrere, hvordan den bruges til at generere sekvenslogoer fra peptiddatasæt
Forklare arkitekturen, træningsprocessen og forudsigelsesmekanismerne i kunstige neurale netværk og illustrere deres anvendelse i immunforudsigelsesmodeller
Sammenligne, evaluere og begrunde brugen af forskellige præstationsmålinger i vurderingen af immunforudsigelsesmodeller
Analysere TCR- og BCR-sekvensdata ved hjælp af avancerede værktøjer, identificere brug af kimcellegener og find relevante sekvensarkiver
Sammenligne de strukturelle og funktionelle forskelle mellem antistoffer/BCR’er og TCR’er, og anvend beregningsmetoder til at forudsige deres struktur
Vælge og begrunde passende beregningsværktøjer til forudsigelse af T-celleepitoper, B-celleepitoper og TCR–pMHC-interaktioner og evaluere fordele og begrænsninger ved immunforudsigelsesmetoder
Designe, gennemføre og præsentere et forskningsprojekt ved hjælp af in silico-metoder til undersøgelse af immunresponser
Designe relevante forespørgsler og kritisk evaluere AI-genererede resultater ved at vurdere deres korrekthed, begrænsninger, validitet, reproducerbarhed og biologiske relevans

Kurset har til formål at introducere de studerende til de nyeste metoder inden for computational immunology.

De teoretiske grundlag for disse metoder introduceres gennem forelæsninger og efterfølges af praktiske øvelser, der sætter de studerende i stand til selvstændigt at udføre computational analyser.

Kurset er opbygget i to dele. Del 1 består af forelæsninger og gruppeøvelser. Del 2 fokuserer på gruppebaseret projektarbejde med henblik på at udvikle og implementere en komplet projektworkflow.

22111/22117/27070, -eller tilsvarende. De anførte forudsætningskurser anbefales, men er ikke obligatoriske. Det forventes dog, at du allerede har kendskab til det stof, der dækkes i disse kurser.
Hvis du ikke har denne baggrundsviden, er det dit ansvar at indhente den manglende viden på egen hånd. Hvis du er i tvivl om, hvorvidt du har den nødvendige baggrundsviden, bedes du kontakte kursusansvarlig.

Forelæsninger, øvelser og projektarbejde