Proteinstruktur: Modeller, analyser og beregninger

• beskrive proteinstrukturelementer, deres egenskaber og aminosyrers kemiske og strukturelle egenskaber.
• vurdere eksperimentelle proteinstrukturers og modellers kvalitet.
• navigere PDB strukturdatabasen og betjene funktioner i programmet PyMOL til visualisering af proteiners tredimensionelle struktur.
• konstruere en model af et protein med ukendt struktur og analysere det.
• forudsige effekten af punktmutationer på interaktioner med ligander, konformationsændringer eller andre strukturelle egenskaber.
• udføre molekylære simuleringer for at studere proteindynamik.
• designe og udvikle en videnskabelig artikel og lære principper for peer-review.
• anvende kommandolinjeværktøjer på en computerserver.

Proteiners struktur fra primær til kvaternær, eksperimentel bestemmelse af proteinstruktur, strukturel genomik, forudsigelse af sekundærstruktur, overfladetilgængelighed m.m., fold-genkendelse, homologimodellering og de novo modellering, strukturvalidering, proteinstrukturanalyse, ”protein engineering”, molekylære dynamik-simuleringer.

• 6 – 20 (ons 8-12)

22111/22113, Grundlæggende kendskab til bioinformatik og kemi

Forelæsninger med flipped-class, computerøvelser, afleveringsøvelser, gruppearbejde. I anden del af kurset, med start efter Forelæsning 7, vil der være aktiviteter til projektudvikling i grupper, som bruges til den afsluttende eksamen.

Projektarbejdet i slutningen af ​​forløbet udføres i små, selvvalgte grupper med medlemmer med forskellig ekspertise/baggrund og afsluttes med videnskabelige artikler, som de studerende selv skal skrive og producere data til resultatafsnittet.

Opgaverne omhandler hovedsagligt proteinstrukturvisualisering med programmet PyMOL. Modellerne vil blive forudsagt med AlphaFold. Mutationsscanningerne vil blive udført ved hjælp af FoldX eller lignende på en Linux Cluster. Til en del af øvelserne og i projektarbejdet vil vi arbejde på en Linux Cluster ved hjælp af terminal- og kommandolinjebaseret software.

Minimum 10, Maksimum: 120.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav til antal deltagere. Derudover er der begrænsning på antallet af studiepladser. Er der for få tilmeldinger oprettes kurset ikke. Er der for mange tilmeldinger, vil der blive trukket lod om pladserne. Du får besked om, om du har fået tildelt en studieplads senest 8 dage før kursusstart.