Proteinstruktur: Modeller, analyser og beregninger

• gengive de 20 naturlige aminosyrer samt redegøre for deres strukturelle og kemiske egenskaber.
• redegøre for proteiners basale strukturelementer samt deres egenskaber.
• vurdere eksperimentelle proteinstrukturers og modellers kvalitet.
• navigere PDB strukturdatabasen og betjene de basale funktioner i programmet PyMOL til visualisering af proteiners tredimensionelle struktur.
• konstruere en model af et protein med ukendt struktur og analysere dem.
• forudsige effekten af punktmutationer på interaktioner med ligander, konformationsændringer eller andre strukturelle egenskaber.
• designe og udvikle en videnskabelig artikel og lære principper for peer-review.
• lære det grundlæggende i at arbejde med kommandolinjeværktøjer.

Proteiners struktur fra primær til kvaternær, eksperimentel bestemmelse af proteinstruktur, strukturel genomik, forudsigelse af sekundærstruktur, overfladetilgængelighed m.m., fold-genkendelse, homologimodellering og de novo modellering, strukturvalidering, proteinstrukturanalyse, ”protein engineering”, molekylære dynamik-simuleringer.

22111/22113, Grundlæggende kendskab til bioinformatik og kemi

Forelæsninger, computerøvelser, afleveringsopgaver og gruppearbejde

Projektarbejdet i slutningen af kurset udføres i små selvvalgte grupper sammensat af studerende med forskellige baggrunde og afsluttes med videnskabelige artikler.

Afleveringsopgaverne (2) omhandler hovedsagligt proteinstrukturvisualisering med programmet PyMOL. Modellerne vil blive forudsagt med HHPred og AlphaFold2. Mutationsscanningerne vil blive udført ved hjælp af FoldX eller lignende.
Til en del af øvelserne og i projektarbejdet vil vi arbejde på en Linux Cluster ved hjælp af terminal- og kommandolinjebaseret software.

Minimum 10, Maksimum: 100.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav til antal deltagere. Derudover er der begrænsning på antallet af studiepladser. Er der for få tilmeldinger oprettes kurset ikke. Er der for mange tilmeldinger, vil der blive trukket lod om pladserne. Du får besked om, om du har fået tildelt en studieplads senest 8 dage før kursusstart.