Enkeltfag Engelsk 5 ECTS

Proteinstruktur: Modeller, analyser og beregninger

Overordnede kursusmål

Kurset sigter på at gøre de studerende i stand til at analysere proteiners struktur og funktion med henblik på rationelt design af lægemidler, optimering af biokatalysatorer og forståelse af sygdomsrelaterede mutationer. Dette inkluderer praktiske computerøvelser i at konstruere og evaluere modeller af proteiner, for hvilke der endnu ikke findes eksperimentelle strukturer, da dette gør det muligt at forudsige biologiske egenskaber for nye proteiner.

See course description in English

Læringsmål

  • gengive de 20 naturlige aminosyrer samt redegøre for deres strukturelle og kemiske egenskaber.
  • redegøre for proteiners basale strukturelementer samt deres egenskaber.
  • beskrive de nødvendige trin i anvendelsen af NMR spektroskopi og røntgen-krystallografi til bestemmelse af proteiners tredimensionelle struktur samt redegøre for væsentlige styrker og svagheder ved de to metoder.
  • navigere PDB strukturdatabasen og de tilhørende filformater.
  • betjene de basale funktioner i programmet PyMOL til visualisering af proteiners tredimensionelle struktur.
  • konstruere en model af et protein med ukendt struktur.
  • vurdere eksperimentelle proteinstrukturers og modellers kvalitet.
  • analysere og diskutere den strukturelle kontekst af annoterede egenskaber ved proteiner såsom epitoper, post-translationelle modifikationer og “active site”.
  • forudsige effekten af punktmutationer på interaktioner med ligander, konformationsændringer eller andre strukturelle egenskaber.
  • designe og udvikle en videnskabelig artikel og lære principper for peer-review.

Kursusindhold

Proteiners struktur fra primær til kvaternær, eksperimentel bestemmelse af proteinstruktur, ”structural genomics”, forudsigelse af sekundærstruktur, overfladetilgængelighed m.m., ”fold recognition”, homologimodellering og de novo modellering, strukturvalidering, proteinstrukturanalyse, ”protein engineering”, molekylære dynamik-simuleringer

Anbefalede forudsætninger

22111/22113, Grundlæggende kendskab til bioinformatik og kemi

Undervisningsform

Forelæsninger, computerøvelser, afleveringsopgaver og gruppearbejde

Fakultet

Bemærkninger

Projektarbejdet i slutningen af kurset udføres i små selvvalgte grupper og afsluttes med videnskabelige artikler.

Afleveringsopgaverne (2) omhandler hovedsagligt proteinstrukturvisualisering med programmet PyMOL. Modellerne vil blive forudsagt med HHPred og AlphaFold2. Mutationsscanningerne vil blive udført ved hjælp af FoldX.

Pladsbegrænsning

Minimum 10, Maksimum: 70.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav til antal deltagere. Derudover er der begrænsning på antallet af studiepladser. Er der for få tilmeldinger oprettes kurset ikke. Er der for mange tilmeldinger, vil der blive trukket lod om pladserne. Du får besked om, om du har fået tildelt en studieplads senest 8 dage før kursusstart.

Se kurset i kursusbasen

Tilmelding

Sprog

Engelsk

Varighed

13 uger

Institut

Sundhedsteknologi

Sted

DTU Lyngby Campus

Kursus ID 22117
Kursustype Kandidat
Semesterstart Uge 5
Semester slut Uge 19
Dage ons 8-12
Pris

7.500,00 kr.

Vær opmærksom på dette kursus har deltager begrænsninger. Læs mere

0 pladser tilbage

Tilmelding