Proteinstruktur: Modeller, analyser og beregninger

• Gengive de 20 naturlige aminosyrer samt redegøre for deres strukturelle og kemiske egenskaber.
• Redegøre for proteiners basale strukturelementer samt deres egenskaber.
• Beskrive de nødvendige trin i anvendelsen af NMR spektroskopi og røntgen-krystallografi til bestemmelse af proteiners tredimensionelle struktur samt redegøre for væsentlige styrker og svagheder ved de to metoder.
• Navigere PDB strukturdatabasen og de tilhørende filformater.
• Betjene de basale funktioner i programmet PyMOL til visualisering af proteiners tredimensionelle struktur.
• Konstruere en model af et protein med ukendt struktur givet sekvensen
• Vurdere eksperimentelle proteinstrukturers og model kvalitet
• Analysere og diskutere den strukturelle kontekst af annoterede egenskaber ved proteiner såsom epitoper, post-translationelle modifikationer og “active site”
• Forudsige effekten af punktmutationer på interaktioner med ligander, konformationsændringer eller andre strukturelle egenskaber
• Design og udvikle en videnskabelig artikel og lær principper for peer-review

Proteiners struktur fra primær til kvaternær, eksperimentel bestemmelse af proteinstruktur, ”structural genomics”, forudsigelse af sekundærstruktur, overfladetilgængelighed m.m., ”fold recognition”, homologimodellering og de novo modellering, strukturvalidering, proteinstrukturanalyse, ”protein engineering”, molekylær dynamik simuleringer

22111/22113, Grundlæggende kendskab til bioinformatik og kemi

Forelæsninger, computerøvelser, afleveringsopgaver og gruppearbejde

Projektarbejdet i slutningen af kurset udføres i små selvvalgte grupper og afsluttes med videnskabelige artikler.

Afleveringsopgaverne (2) omhandler hovedsagligt proteinstrukturvisualisering med programmet PyMOL. Modellerne vil blive forudsagt med HHPred og AlphaFold2. Mutationsscanningerne vil blive udført ved hjælp af FoldX.

Minimum 10, Maksimum: 70.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav til antal deltagere. Derudover er der begrænsning på antallet af studiepladser. Er der for få tilmeldinger oprettes kurset ikke. Er der for mange tilmeldinger, vil der blive trukket lod om pladserne. Du får besked om, om du har fået tildelt en studieplads senest 8 dage før kursusstart.