Bioinformatik for smitsomme sygdomme

• Kunne bruge hele genom-sekventeringsdata fra forskellige sekventeringsteknologier til at kontrollere kvalitet, beskæring, kortlægning, justering og samling ved hjælp af kommandolinjebaserede bioinformatikmetoder.
• Anvend kommandolinjebaserede metoder til at analysere arter, undertypning, identificere antimikrobiel resistens og andre vigtige genmarkører.
• Anvend kommandolinjebaserede metoder til at konstruere fylogeni til epidemiologiske undersøgelser, langsigtet udvikling og storskala fylogeni.
• Anvend kommandolinjebaserede metoder til at bestemme større og mindre mutationer i patogengenomer.
• Anvend kommandolinjebaserede metoder til at identificere og analysere kerne-genom, tilbehørsgener og pan-genom.
• Kunne downloade og dele sekventeringsdata fra / til offentlige databaser.
• Evaluer de enkelte komponenter i bioinformatiske arbejdsgange og rørledninger.
• Anvende avancerede metoder og værktøjer til at analysere og fortolke genomiske data fra mennesker og forskellige reservoirer (dyr, mad og miljø) og forberede sådanne data til epidemiologiske analyser og modellering.

Sekventeringsteknologier, sekvenseringskvalitet, trimning og samling ved hjælp af kommandolinjeværktøjer

Justering og kortlægning inklusive håndtering af læst sekventeringsdata

Fremstilling af Finder-værktøjer med eksempel på identifikation af arter, MLST, antimikrobiel resistens, virulensgener og plasmid ved hjælp af kommandolinjebaserede metoder

SNP-trækonstruktion ved hjælp af kommandolinjebaserede metoder og fylogenivisualisering

Konstruktion af cgMLST / wgMLST træ og storskala fylogeni

Langvarig fylogeni ved hjælp af BEAST

Bestemmelse af større og mindre mutationer i sekventeringsdata

Pan-genom-analyse inklusive kerne- og tilbehørgener

Betydningen af deling af sekventeringsdata, hvordan man downloader og deler sekventeringsdata fra / til offentlige databaser

Behandling, analyse og forberedelse af genomiske data til epidemiologiske analyser og modellering

23205, Unix / Linux baggrund. Grundlæggende forståelse af bioinformatik i sekvensanalyse og infektiøs sygdom

Forelæsninger og computerbaserede øvelser.