Enkeltfag Engelsk 5 ECTS

Bioinformatik for smitsomme sygdomme

Overordnede kursusmål

Hele genom-sekventering og bioinformatik er blevet anvendt med succes i forskellige analyser af infektiøse sygdomme såsom udbruddsundersøgelse og epidemisk dynamik. Teknologien er blevet så billig, at sekvenseringsplatforme flytter ind på hospitaler og fødevaresikkerhedslaboratorier for at forhindre og kontrollere infektionssygdomme. Udfordringen er ikke længere at generere sekvenserne, men snarere at analysere dem og udtrække den relevante information fra de store mængder sekventeringsdata.

Efter at have fulgt dette kursus vil du være i stand til at redegøre for den biologiske og genetiske baggrund for forskellige mikroorganismer, der forårsager smitsomme sygdomme. Ved at bruge og oprette en række metoder vil du desuden lære at analysere og fortolke mikrobielle helgenometdata i relation til smitsomme sygdomme og fødevaresikkerhedsspørgsmål.

See course description in English

Læringsmål

  • Kunne bruge hele genom-sekventeringsdata fra forskellige sekventeringsteknologier til at kontrollere kvalitet, beskæring, kortlægning, justering og samling ved hjælp af kommandolinjebaserede bioinformatikmetoder.
  • Anvend kommandolinjebaserede metoder til at analysere arter, undertypning, identificere antimikrobiel resistens og andre vigtige genmarkører.
  • Anvend kommandolinjebaserede metoder til at konstruere fylogeni til epidemiologiske undersøgelser, langsigtet udvikling og storskala fylogeni.
  • Anvend kommandolinjebaserede metoder til at bestemme større og mindre mutationer i patogengenomer.
  • Anvend kommandolinjebaserede metoder til at identificere og analysere kerne-genom, tilbehørsgener og pan-genom.
  • Kunne downloade og dele sekventeringsdata fra / til offentlige databaser.
  • Evaluer de enkelte komponenter i bioinformatiske arbejdsgange og rørledninger.
  • Anvende avancerede metoder og værktøjer til at analysere og fortolke genomiske data fra mennesker og forskellige reservoirer (dyr, mad og miljø) og forberede sådanne data til epidemiologiske analyser og modellering.

Kursusindhold

Sekventeringsteknologier, sekvenseringskvalitet, trimning og samling ved hjælp af kommandolinjeværktøjer

Justering og kortlægning inklusive håndtering af læst sekventeringsdata

Fremstilling af Finder-værktøjer med eksempel på identifikation af arter, MLST, antimikrobiel resistens, virulensgener og plasmid ved hjælp af kommandolinjebaserede metoder

SNP-trækonstruktion ved hjælp af kommandolinjebaserede metoder og fylogenivisualisering

Konstruktion af cgMLST / wgMLST træ og storskala fylogeni

Langvarig fylogeni ved hjælp af BEAST

Bestemmelse af større og mindre mutationer i sekventeringsdata

Pan-genom-analyse inklusive kerne- og tilbehørgener

Betydningen af deling af sekventeringsdata, hvordan man downloader og deler sekventeringsdata fra / til offentlige databaser

Behandling, analyse og forberedelse af genomiske data til epidemiologiske analyser og modellering

Anbefalede forudsætninger

23205, Unix / Linux baggrund. Grundlæggende forståelse af bioinformatik i sekvensanalyse og infektiøs sygdom

Undervisningsform

Forelæsninger og computerbaserede øvelser.

Fakultet

Bemærkninger

Mundtlig præsentation på kursets sidste dag

Se kurset i kursusbasen

Tilmelding

Sprog

Engelsk

Varighed

13 uger

Institut

Fødevareinstituttet

Sted

DTU Lyngby Campus

Kursus ID 23262
Kursustype Kandidat
Semesterstart Uge 5
Semester slut Uge 19
Dage tirs 8-12
Pris

7.500,00 kr.

0 pladser tilbage

Tilmelding