Bioinformatik for smitsomme sygdomme
Overordnede kursusmål
Hele genom-sekventering og bioinformatik er blevet anvendt med succes i forskellige analyser af infektiøse sygdomme såsom udbruddsundersøgelse og epidemisk dynamik. Teknologien er blevet så billig, at sekvenseringsplatforme flytter ind på hospitaler og fødevaresikkerhedslaboratorier for at forhindre og kontrollere infektionssygdomme. Udfordringen er ikke længere at generere sekvenserne, men snarere at analysere dem og udtrække den relevante information fra de store mængder sekventeringsdata.
Efter at have fulgt dette kursus vil du være i stand til at redegøre for den biologiske og genetiske baggrund for forskellige mikroorganismer, der forårsager smitsomme sygdomme. Ved at bruge og oprette en række metoder vil du desuden lære at analysere og fortolke mikrobielle helgenometdata i relation til smitsomme sygdomme og fødevaresikkerhedsspørgsmål.
See course description in English
Læringsmål
- Kunne bruge hele genom-sekventeringsdata fra forskellige sekventeringsteknologier til at kontrollere kvalitet, beskæring, kortlægning, justering og samling ved hjælp af kommandolinjebaserede bioinformatikmetoder.
- Anvend kommandolinjebaserede metoder til at analysere arter, undertypning, identificere antimikrobiel resistens og andre vigtige genmarkører.
- Anvend kommandolinjebaserede metoder til at konstruere fylogeni til epidemiologiske undersøgelser, langsigtet udvikling og storskala fylogeni.
- Anvend kommandolinjebaserede metoder til at bestemme større og mindre mutationer i patogengenomer.
- Anvend kommandolinjebaserede metoder til at identificere og analysere kerne-genom, tilbehørsgener og pan-genom.
- Kunne downloade og dele sekventeringsdata fra / til offentlige databaser.
- Evaluer de enkelte komponenter i bioinformatiske arbejdsgange og rørledninger.
- Anvende avancerede metoder og værktøjer til at analysere og fortolke genomiske data fra mennesker og forskellige reservoirer (dyr, mad og miljø) og forberede sådanne data til epidemiologiske analyser og modellering.
Kursusindhold
Sekventeringsteknologier, sekvenseringskvalitet, trimning og samling ved hjælp af kommandolinjeværktøjer
Justering og kortlægning inklusive håndtering af læst sekventeringsdata
Fremstilling af Finder-værktøjer med eksempel på identifikation af arter, MLST, antimikrobiel resistens, virulensgener og plasmid ved hjælp af kommandolinjebaserede metoder
SNP-trækonstruktion ved hjælp af kommandolinjebaserede metoder og fylogenivisualisering
Konstruktion af cgMLST / wgMLST træ og storskala fylogeni
Langvarig fylogeni ved hjælp af BEAST
Bestemmelse af større og mindre mutationer i sekventeringsdata
Pan-genom-analyse inklusive kerne- og tilbehørgener
Betydningen af deling af sekventeringsdata, hvordan man downloader og deler sekventeringsdata fra / til offentlige databaser
Behandling, analyse og forberedelse af genomiske data til epidemiologiske analyser og modellering
Anbefalede forudsætninger
23205, Unix / Linux baggrund. Grundlæggende forståelse af bioinformatik i sekvensanalyse og infektiøs sygdom
Undervisningsform
Forelæsninger og computerbaserede øvelser.
Fakultet
Bemærkninger
Mundtlig præsentation på kursets sidste dag
Spørgsmål om kursets indhold?
Kontakt Pimlapas Leekitcharoenphon
Praktiske spørgsmål (fx tilmelding)?
Kontakt DTU Learn for Life
Relaterede uddannelser
-
Enkeltfag
5 ECTS
Avanceret operationsanalyse til optimering af beslutninger – Sommerskole
- Varighed
- 13 uger
- Pris
- 10.600,00 kr.
-
Enkeltfag
Engelsk
5 ECTS
Differentialgeometri
- Varighed
- 13 uger
- Pris
- 7.500,00 kr.
-
Enkeltfag
Dansk
5 ECTS
Differentialgeometri og parametrisk design
- Varighed
- 13 uger
- Pris
- 7.500,00 kr.
-
Enkeltfag
Engelsk
5 ECTS
Funktionsrum og matematisk analyse
- Varighed
- 13 uger
- Pris
- 7.500,00 kr.
