Mikrobiom engineering

• Beskrive struktur, funktion og dynamik i mikrobiomer på tværs af forskellige miljøer (f.eks. jord-, plante- og værtsassocierede systemer).
• Forklare centrale begreber og strategier inden for mikrobiom engineering, herunder både design af syntetiske mikrobielle samfund og målrettet modificering af naturlige mikrobiomer.
• Diskutere nuværende og fremtidige anvendelser af mikrobiom engineering inden for sundhed, landbrug og bioteknologi.
• Forklare nyere teknologiske fremskridt inden for molekylærbiologi, syntetisk biologi og systembiologi med relevans for mikrobiomforskning og -engineering.
• Beskrive og vurdere metoder til karakterisering af mikrobiomer, herunder sekventeringsbaserede metoder, dyrkningsstrategier og eksperimentelle modelsystemer (f.eks. biofilm-modeller).
• Analysere og fortolke mikrobiomdata ved hjælp af beregningsmæssige metoder og relevante statistiske tilgange.
• Designe strategier til at manipulere mikrobiomer ved at introducere eller fjerne specifikke medlemmer samt ved anvendelse af miljømæssige eller genetiske interventioner.
• Kritisk vurdere videnskabelig litteratur inden for mikrobiomforskning og -engineering, herunder forsøgsdesign, metodik og datafortolkning.

Kurset giver en dybdegående introduktion til mikrobiom engineering og omfatter både design af syntetiske mikrobielle samfund og målrettet modificering af naturlige mikrobiomer. Der lægges vægt på de økologiske og molekylære principper, der styrer mikrobiomers struktur, funktion og stabilitet, herunder mikrobielle interaktioner, kemisk signalering og miljømæssige påvirkninger. Kurset vil dække eksperimentelle og beregningsmæssige metoder til karakterisering af mikrobiomer, herunder sekventeringsbaserede metoder, dyrkningsstrategier, sensorteknologier samt modelsystemer (f.eks. biofilm-modeller). Derudover behandles nyere fremskridt inden for molekylærbiologi, syntetisk biologi og systembiologi, som muliggør manipulation af mikrobiomer. Der lægges vægt på strategier til at kontrollere og optimere mikrobiomer ved at introducere eller fjerne specifikke medlemmer samt ved anvendelse af miljømæssige og genetiske interventioner med henblik på anvendelser inden for sundhed, landbrug og bioteknologi. Samlet set giver kurset de studerende et teoretisk og analytisk grundlag for at forstå, analysere og foretage engineering af mikrobiomer.

27026/27051/27200, Kendskab til grundlæggende eksperimentelle tilgange i molekylær mikrobiologi til det niveau, der er nødvendigt for at fortolke eksperimentelle data. Kendskab til mikrobiel biodiversitet og bakteriel genetik og fysiologi til det niveau, der er nødvendigt for at kunne deltage i læsning og diskussion af videnskabelig litteratur.

Forelæsninger, diskussioner af videnskabelige artikler samt dataanalyse gennem opgavesæt og case-studier

Minimum 10.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav for antal deltagere for at kunne oprettes. Du får besked om, hvorvidt kurset oprettes senest 8 dage før kursusstart.