Metabolom- og proteomanalyse

• Gøre rede for de basale principper for prøveforberedelse af små organiske molekyler og proteiner, f.eks. fastfaseekstraktion (SPE).
• Forklare de basale principper bag kromatografi (LC, GC) herunder brug af forskellige relevante kolonnetyper.
• Gøre rede for de grundlæggende principper bag diode array detektion (DAD) og massespektrometri (f.eks. QTOF) koblet til væskekromatografi (LC-DAD-MS).
• Forklare betydningen af nøjagtig massebestemmelse, herunder addukt- og isotopmønstre.
• Anvende almindelig kromatografisk/spektroskopisk software til dataanalyse.
• Sammenligne data fra mikrobielle ekstrakter med spektroskopisk information i databaser.
• Gøre rede for de basale principper bag kvantitativ analyse af naturstoffer (f.eks. mykotoksiner).
• Forklare principperne bag massespektrometribaseret analyse (f.eks. Orbitrap og MALDI-TOF) af intakte og modificerede proteiner.
• Beskrive det grundlæggende workflow for omics-baserede analyser af proteomer, interactomer og posttranslationelle modifikationer.
• Gøre rede for de forskellige metoder til kvantitative proteomanalyser, herunder med og uden brug af isotopmærkede aminosyrer.

Industriel produktion af små organiske molekyler (herunder naturstoffer) og proteiner ved hjælp af mikrobielle og mammale cellefabrikker forventes at stige i de kommende år. Dette inkluderer vigtige typer af produkter som antibiotika, anti-cancer stoffer, små antimikrobielle proteiner og fødevareingredienser som aromastoffer, farvestoffer, antioxidanter og vitaminer. Andre stoffer er giftige for mennesker og skal derfor undgås og kontrolleres for i levnedsmidler. Endelig er der et stort behov for en bedre forståelse for proteiners specifikke rolle på det cellulære niveau, hvilket stiller krav til udvikling af nye forbedrede proteomics-analysemetoder. Dette kursus vil gennemgå de vigtigste moderne metoder til at analysere både små molekyler og større proteiner, især baseret på væskekromatografi koblet til forskellige typer af moderne massespektrometre. Undervisningen vil være baseret på forelæsninger, opgaveløsning og gruppearbejde med fremlæggelser.

26400/27022

Forelæsninger, opgaver, litteratursøgning, gruppearbejde og studenterfremlæggelser

Minimum 10.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav for antal deltagere for at kunne oprettes. Du får besked om, hvorvidt kurset oprettes senest 8 dage før kursusstart.