Kvantitativ analyse og modellering af proteinreaktioner

• Analysere hastigheden og styrken af ligandbinding fra data opnået med en række forskellige eksperimentelle metoder.
• Identificere spontane og ikke-spontane biokemiske processer.
• Vurdere termodynamisk og kinetisk stabilitet af proteinkonformationer.
• Vurdere entalpiske og entropiske bidrag til drivkraften for foldning og binding.
• Diskutere intermolekylære kræfter, der driver protein-interaktioner.
• Beskrive diffusion og quantificere diffusionshastigheder.
• Modellere enzymreaktioner med flere intermediater og identificere hastighedsbestemmende trin.
• Beskrive energilandskaber til katalyse og foldning (inklusive virkningerne af mutationer).
• Analysere kinetiske data for proteinaggregation.
• Forstå det grundlæggende i statistisk termodynamik anvendt på proteinfoldning og interaktioner.
• Analyse af termodynamikken i væske-væskefaseseparation af proteiner.
• Udfør lineær og ikke-lineær tilpasning af eksperimentelle datasæt.

Indholdet vil dække både kinetiske aspekter (enzymer, aggregering) samt termodynamik (ligandbinding, proteinfoldning, protein-protein interaktioner, faseadskillelse) af proteinreaktioner. Nogle aspekter, såsom proteinfoldning, vil delvist blive diskuteret ved hjælp af legetøjsmodeller, men overordnet vil vægten være på analyse af data fra litteraturen eller vores egne forskningsprojekter. Eleverne vil blive udstyret med et meget stort værktøjssæt til kvantitativt at analysere stort set enhver relevant type interaktion, som proteiner kan gennemgå, både fra et kinetisk og termodynamisk synspunkt.

26211/27022, Biokemi, eller lignende kursus i grundlæggende biokemi.
Grundlæggende fysisk kemi/termodynamik

Forelæsninger, analyse af forskningsdata, case stories, løsning af opgaver

Minimum 10.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav for antal deltagere for at kunne oprettes. Du får besked om, hvorvidt kurset oprettes senest 8 dage før kursusstart.