Enkeltfag 5 ECTS

Next-Generation-Sequencing Analyse

DTU Health Tech

Overordnede kursusmål

På dette kursus vil du lære de centrale begreber inden for Next Generation Sequencing (NGS) og deres beregningsmæssige analyse. Next-Generation Sequencing (NGS) teknologier har transformeret den måde, som biologisk forskning bliver udført på og bliver i dag anvendt indenfor næsten alle biologiske felter til banebrydende opdagelser. I dag kan et menneskes genom sekventeres på meget kort tid og til en pris på under $1000, hvilket giver hidtil usete muligheder for at undersøge menneskelige træk, evolution og sygdomme. Derudover kan arvemasse af hele mikrobielle samfund sekventeres og sammenspil med natur studeres, hvilket har ledt til opdagelsen af nye brugbare enzymer og organismer. Da disse forsøg producerer store mængder af data, er bioinformatiske kompetencer og super computere altafgørende for analyserne. Formålet med kurset er at give de studerende kendskab til NGS teknologi med fokus på analyse af data. Kurset vil kvalificere de studerende til at forstå NGS data og sætte dem i stand til at analysere disse ved hjælp af Unix/Linux baserede systemer og programmer. Den sidste halvdel af kurset er projektarbejde, der er baseret på de studerendes egen data eller data fra offentlige databaser.

See course description in English

Læringsmål

  • forklare de forskellige NGS teknologier herunder de enkelte styrker og svagheder.
  • forklare de enkelte trin der generelt indgår i en NGS data analyse.
  • forklare de teoretiske koncepter bag alignment og de novo assembly.
  • anvende Unix-baseret software til at udføre en analyse af NGS data.
  • selvstændigt definere et projekt og relevant spørgsmål indenfor feltet.
  • anvende viden tillært i kurset til at løse spørgsmålet via et projekt.
  • analysere og reflektere over resultater fra de individuelle øvelser og det endelige projekt.
  • samarbejde i grupper til at udføre projektarbejde og kommunikere resultaterne på en poster.

Kursusindhold

Teknologien bag moderne NGS; Kvalitetskontrol; fejlkorrektion; Sekvens sammenligning; BAM processering; genotypebestemmelse; SNPs, Indels; de novo sekvens samling; Human sekventering; Mikrobiel sekventering; Historisk DNA; Metagenom analyse; Genetisk Epidemiologi; RNA sekventering; Exom sekventering; Udarbejdelse af projekt hvor NGS data analyseres; præsentation af poster.

Anbefalede forudsætninger

27002/27008/27230/27430/22110, Elementære kommandolinjefærdigheder (f.eks lokalisere eller kopiere filer etc.)

Undervisningsform

Forelæsninger, computerøvelser og projektarbejde

Fakultet

Gabriel Renaud

Kontakt eller læs mere om Gabriel
Gabriel Renaud

Pladsbegrænsning

Minimum 5, Maksimum: 96.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav til antal deltagere. Derudover er der begrænsning på antallet af studiepladser. Er der for få tilmeldinger oprettes kurset ikke. Er der for mange tilmeldinger, vil der blive trukket lod om pladserne. Du får besked om, om du har fået tildelt en studieplads senest 8 dage før kursusstart.

Se kurset i kursusbasen

Tilmelding

Sprog
Varighed

3 uger
Institut

Sundhedsteknologi
Sted

DTU Lyngby Campus
Kursus ID 22126
Kursustype Kandidat
Semesterstart Uge 1
Semester slut Uge 35
Dage Man-fre 8:00-17:00
Pris

7.500,00 kr.

Vær opmærksom på dette kursus har deltager begrænsninger. Læs mere

Relaterede uddannelser

Tilmelding