Computational Precision medicine

• forklare koncepterne bag anvendt præcisionsmedicin i klinikken.
• forklare koncepterne bag behandlingsstratificering af cancerpatienter.
• forklare koncepterne bag cancer immunterapi.
• anvende grundlæggende metoder til usuperviseret clustering baseret på genekspression.
• anvende grundlæggende metoder til klassifikation af prøver baseret på genekspression.
• anvende differentiel genekspressionsanalyse til at finde potentielle tumorassocierede antigener.
• anvende isoform switch analyse til at finde potentielle cellemembranantigener.
• analysere brugen af bioinformatik i præcisionsmedicin i forhold til anvendelsen i klinikken.

I dette kursus vil de studerende blive introduceret til bioinformatiske metoder indenfor præcisionsmedicin. De studerende vil lære, hvordan transcriptomics data fra microarrays eller RNA sekventering kan bruges til diagnostik og patientstratificering, når optimale behandlingsformer skal vælges. De studerende vil også lære princripperne i præcisions- og personlig behandling ved analyse af RNA og DNA sekventeringsdata.

Hver forelæsning består af en introduktion til et klinisk problem af en domæneekspert fra translationel forskning og/eller en kliniker, efterfulgt af en introduktion til hvordan problemet kan løses bioinformatisk, efterfulgt af praktiske øvelser. De to sidstnævnte vil foregår i programmeringssproget R.

Evalueringen er baseret på et hands-on gruppeprojekt, hvori et præcisionsmedicinsk problem skal løses. De studerende kan enten vælge et prædefineret projekt eller finde på deres eget. Eksamineringen foregår ved, at projektet bliver præsenteret i grupper efterfulgt af individuelle mundtlige eksaminationer i hele pensum.

02402/22110/22100/22126/27002/27008, Kurset antager, at den studerende har erfaring med programmering i R, da alle øvelser og gruppearbejde vil foregå i dette programmeringssprog. En grundlæggende forståelse for next generation sequencing og god forståelse for statistik er stærkt anbefalet.

Forelæsninger, computerøvelser og gruppearbejde

Minimum 10.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav for antal deltagere for at kunne oprettes. Du får besked om, hvorvidt kurset oprettes senest 8 dage før kursusstart.