Computational Precision medicine
Overordnede kursusmål
Det overordnede mål med dette kursus er at gøre de studerende i stand til at anvende datalogiske værktøjer indenfor præcisionsmedicin. I kurset lægges der særligt fokus på emner indenfor præcisionsdiagnostik såsom patientstratificering ud fra genekspressionsprofilering, og præcisionsbehandling, herunder særligt identifikation og evaluering af targets til cancer immunterapi.
See course description in English
Læringsmål
- forklare koncepterne bag anvendt præcisionsmedicin i klinikken.
- forklare koncepterne bag behandlingsstratificering af cancerpatienter og beskrive styrker og svagheder ved brugen af bulk genekspressionsprofilering.
- forklare koncepterne bag cancer immunterapi og beskrive udfordringerne forbundet med valg af targets.
- anvende grundlæggende metoder til usuperviseret clustering baseret på genekspression.
- anvende grundlæggende metoder til klassifikation af prøver baseret på genekspression.
- anvende differentiel genekspressionsanalyse til at finde potentielle tumorassocierede antigener.
- analysere isoform switches til at finde potentielle cellemembranantigener.
- producere bioinformatiske workflows til diagnostik, prognostik, og antigen identifikation.
Kursusindhold
I dette kursus vil de studerende blive introduceret til bioinformatiske metoder indenfor præcisionsmedicin. De studerende vil lære, hvordan transcriptomics data fra microarrays eller RNA sekventering kan bruges til diagnostik og patientstratificering, når optimale behandlingsformer skal vælges. De studerende vil også lære princripperne i præcisions- og personlig behandling ved analyse af RNA og DNA sekventeringsdata.
Hver forelæsning består af en introduktion til et klinisk problem af en domæneekspert fra translationel forskning og/eller en kliniker, efterfulgt af en introduktion til hvordan problemet kan løses bioinformatisk, efterfulgt af praktiske øvelser. De to sidstnævnte vil foregår i programmeringssproget R.
Evalueringen er baseret på et hands-on gruppeprojekt, hvori et præcisionsmedicinsk problem skal løses. De studerende kan enten vælge et prædefineret projekt eller finde på deres eget.
Anbefalede forudsætninger
Undervisningsform
Forelæsninger, computerøvelser og gruppearbejde
Fakultet
Pladsbegrænsning
Minimum 10.
Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav for antal deltagere for at kunne oprettes. Du får besked om, hvorvidt kurset oprettes senest 8 dage før kursusstart.