Enkeltfag 5 ECTS

High Performance Computing i Life Science

Overordnede kursusmål

Løfter den studerende fra at udvikle programmer på en personlig computer til design og implementation af life science projekter på supercomputere.

See course description in English

Læringsmål

  • forbedre performance af et program ved at anvende tilegnet viden om hvordan en PC og en supercomputer virker fra et hardwaremæssigt perspektiv (ligheder og forskelle).
  • designe programmer og programforløb som anvender et køsystem effektivt på varierende måder.
  • evaluere effektiviteten af et program eller programforløb ved analyse af anvendelsen af IO og hukommelse.
  • planlægge og implementere triviel parallel programudførsel på en node/computer.
  • anvende ‘Divide and Conquer’ paradigmet i konkret sammenhæng med Branch&Bound kombinatorisk optimering.
  • evaluere om binære og/eller probabilistiske datastrukturer kan øge performance af programmer, samt implementere disse.
  • designe en database ud fra virkelige data og/eller modeller.
  • anvende SQL til at forespørge og manipulere en database.
  • programmere mod en relationel database i Python.
  • organisere et projekt således at vejen fra rådata til resultat er tydelig og gentagelig.

Kursusindhold

Kurset løfter den studerende fra at være den eneste bruger på en enkelt computer til at være en af mange brugere på en supercomputer. Det gøres ved forelæsninger og øvelser i emner som computerarkitektur, køsystemer, parallel programmering, algoritmedesign, programoptimering, database-design og anvendelse i teori og praksis. Der anvendes forskellige life science problemstillinger i undervisningen.

Anbefalede forudsætninger

22110/22113, For at kunne være i stand til at deltage i kurset skal man være vant til at programmere i Python. Kurset tager udgangspunkt i Life Science og viden om forskellige biologiske filformater er nødvendig.

Undervisningsform

Forelæsninger og computerøvelser

Fakultet

Bemærkninger

Kurset anvender blandt andet supercomputeren ‘Computerome 2’ som øvelsesplatform.

Pladsbegrænsning

Minimum 8, Maksimum: 50.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav til antal deltagere. Derudover er der begrænsning på antallet af studiepladser. Er der for få tilmeldinger oprettes kurset ikke. Er der for mange tilmeldinger, vil der blive trukket lod om pladserne. Du får besked om, om du har fået tildelt en studieplads senest 8 dage før kursusstart.

Se kurset i kursusbasen

Tilmelding

Sprog
Varighed

13 uger

Institut

Sundhedsteknologi

Sted

DTU Lyngby Campus

Kursus ID 22112
Kursustype Kandidat
Semesterstart Uge 35
Semester slut Uge 48
Dage man 13-17
Pris

7.500,00 kr.

Vær opmærksom på dette kursus har deltager begrænsninger. Læs mere

Tilmelding