High Performance Computing i Life Science

• forbedre performance af et program ved at anvende tilegnet viden om hvordan en PC og en supercomputer virker fra et hardwaremæssigt perspektiv (ligheder og forskelle).
• designe programmer og programforløb som anvender et køsystem effektivt på varierende måder.
• evaluere effektiviteten af et program eller programforløb ved analyse af anvendelsen af IO og hukommelse.
• planlægge og implementere triviel parallel programudførsel på en node/computer.
• anvende ‘Divide and Conquer’ paradigmet i konkret sammenhæng med Branch&Bound kombinatorisk optimering.
• evaluere om binære og/eller probabilistiske datastrukturer kan øge performance af programmer, samt implementere disse.
• designe en database ud fra virkelige data og/eller modeller.
• anvende SQL til at forespørge og manipulere en database.
• programmere mod en relationel database i Python.
• organisere et projekt således at vejen fra rådata til resultat er tydelig og gentagelig.

Kurset løfter den studerende fra at være den eneste bruger på en enkelt computer til at være en af mange brugere på en supercomputer. Det gøres ved forelæsninger og øvelser i emner som computerarkitektur, køsystemer, parallel programmering, algoritmedesign, programoptimering, database-design og anvendelse i teori og praksis. Der anvendes forskellige life science problemstillinger i undervisningen.

22110/22113/22163, For at kunne være i stand til at deltage i kurset skal man være vant til at programmere i Python. Kurset tager udgangspunkt i Life Science og viden om forskellige biologiske filformater er nødvendig.

Forelæsninger og computerøvelser

Kurset anvender blandt andet supercomputeren ‘Computerome 2’ som øvelsesplatform.

Minimum 8, Maksimum: 50.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav til antal deltagere. Derudover er der begrænsning på antallet af studiepladser. Er der for få tilmeldinger oprettes kurset ikke. Er der for mange tilmeldinger, vil der blive trukket lod om pladserne. Du får besked om, om du har fået tildelt en studieplads senest 8 dage før kursusstart.