Unix & Python Programming for bioinformatikere

• anvende Unix kommandoline med 10-15 almindelige Unix kommandoer, inklusiv filsystem navigation, pipelines, proces- og filsystem-kontrol.
• demonstrere og forklare anvendelsen af Python syntaks, objektmodel, datastrukturer, klasser og 65-70 Python funktioner/metoder.
• udøve mønstergenkendelse i (bioinformatiske) data filer med henblik på at udtrække information.
• anvende metoder/programmmeringsteknikker demonstreret i kurset på lignende problemer.
• analysere et (programmerings)problem og fastslå dets komponenter, samt konstruere en effektiv løsning ved at anvende de rigtige komponenter i den rigtige rækkefølge.
• analysere et program og, baseret på dets opførsel, finde og udrydde fejl.
• evaluere kvaliteten af kode baseret på kriterier vist i kurset, og demonstrere at koden opfylder en kvalitetsstandard ved at anvende unit-test teknikken.
• skrive klar, præcis og veldokumenteret kode, som er anvendelig i større samarbejdsmæssige sammenhæng.
• evaluere effektiviteten af kode med hensyn til hastighed og hukommelsesforbrug ved anvendelse af Big O notationen.
• anvende kode-biblioteker, både videnskabelige og andet, til hurtig og god løsning af programmeringsopgaver.

Dette kursus giver en introduktion til Unix, som anvendes bredt i bioinformatik. Man lærer basale kommandoer, fil-manipulation, input/output redirection, filsystemstruktur og procesmanipulation. Der bygges ovenpå den eksisterende viden om Python, og man lærer om regulære udtryk, avancerede datastrukturer, funktioner, Pythons objektmodel, klasser, unittest, og videnskabelige biblioteker. Dette sker under en paraply af øvelser baseret på bioinformatiske og dataanalytiske problemstillinger.
Øvelserne skal peer-evalueres og er integrerede med forelæsningerne. De studerende skal i tomandsgrupper løse et mindre programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv designer. Individuelle bidrag til projektet skal angives for at muliggøre individuel karaktergivning. En studerende skal også peer-evaluere en anden gruppes projekt.

22101, Praktisk erfaring i Python programmering på niveau med kursus 22101. Henvendelse til kursusansvarlig ved tvivlspørgsmål.

Forelæsninger og computerøvelser

Omgængere kan genbruge tidligere godkendte øvelser og projekt.