Enkeltfag Engelsk 5 ECTS

Analytisk mikrobiel naturstofkemi og biosyntese

Overordnede kursusmål

Mikroorganismer er i stand til at biosyntetisere yderst komplekse små organiske molekyler også kaldet naturstoffer. Et hovedformål med dette kursus er at give en gennemgang af i) de forskellige hovedtyper af naturstoffer, ii) de forskellige enzymertyper, der er involveret i deres biosyntese, iii) hvorledes de tilhørende gener er organiseret og kan genkendes ved hjælp af bioinfrmatiske metoder, og iv) hvorledes man ved hjælp af kromatografiske metoder koblet til spektroskopi kan analysere et givet mikrobielt ekstrakt for indholdet af naturstoffer.

See course description in English

Læringsmål

  • Genkende de vigtigste typer af naturstoffer, som polyketider, non-ribosmale peptider og terpener
  • Foreslå en sansynlig biosyntesevej udfra retrobiosyntetiske betragninger af en given struktur
  • Foreslå hvilke gener og dermed enzymer, der er involveret i biosyntesen af et givent naturstof
  • Have en god forståelse for anvendelse af bioinformatiske redskaber, som f.eks. antiSMASH, i forbindelse med analyse naturstof relaterede gener (klustre)
  • Have en god forståelse for anvendelse af bioinformatiske redskaber, som BLAST, HMMer, Interproscan til forudsigelse af enzym aktiviteter involveret i biosyntese af et givet naturstof
  • Opnå et godt kendskab til analyse af hele genom sekvenser, herunder forudsigelse af hvilken type af naturstof et givent genkluster koder for
  • Forklare principperne bag forskellige typer af væskekromatografi (RP, HILIC, IC)
  • Fortolke kromatografiske analyser herunder især data genereret fra UV- og massespektrometri, inklusiv tolkning af addukt og isotop mønstre i MS og MS/MS spektra, samt søgning i databaser
  • Tillære og afrapportere analytisk kemiske problemstillinger i klasseforum
  • xx

Kursusindhold

Antallet af mikroorganismer, der bliver fuldgenom sekventeret stiger i øjeblikket eksponentielt. Dette giver mulighed for at studere og forstå biosyntese af naturstoffer på en meget mere uddybende måde end tidligere, idet det gener, og dermed biosyntetiske enzymer, der er relateret til en given biosyntetisk pathway kan forudsiges ved hjælp af bioinformatiske analyser. Dette kursus vil gennemgå hvorledes naturen kombinerer små “byggeklodser” til opbygning af komplekse naturstoffer, hvorledes man ved hjælp af bioinformatiske analyser kan forudsige en given mikroorganismes potentielle evne til at danne sådanne stoffer, og endeligt hvorledes man ved hjælp af avancerede analyse instrumenter, som HPLC koblet til især massespektrometri, kan undersøge hvilke stoffer den givne mikroorganisme producerer under de givne betingelser.

Undervisningsform

Forelæsninger, seminarer og gruppediskussioner samt opgaver

Bemærkninger

Kursus udgifter.
1) Kurset er gratis for ph.d.-studerende fra Danmark og andre EU lande. Deltagerne skal dog betale for de aktuellle kursusudgifter (materialer, forplejning mm.)
2) Deltagergebyr for industripersoner er 12.500 kr.

Pladsbegrænsning

Minimum 10, Maksimum: 36.

Vær opmærksom på, at dette enkeltfagskursus har et minimumskrav til antal deltagere. Derudover er der begrænsning på antallet af studiepladser. Er der for få tilmeldinger oprettes kurset ikke. Er der for mange tilmeldinger, vil der blive trukket lod om pladserne. Du får besked om, om du har fået tildelt en studieplads senest 8 dage før kursusstart.

Se kurset i kursusbasen

Tilmelding

Sprog

Engelsk

Varighed

3 uger

Institut

Bioengineering

Kursus ID 27815
Kursustype Ph.d.
Semesterstart Uge 1
Semester slut Uge 3
Dage Man-fre 8:00-17:00
Pris

10.600,00 kr.

Vær opmærksom på dette kursus har deltager begrænsninger. Læs mere

0 pladser tilbage

Tilmelding